Üniversite kampüste atık geri dönüşümünü teşvik eder. Tüm üniteler ve binalar geri dönüşüm kutuları ile donatılmıştır. Acıbadem Üniversitesi üç bloğa bölünmüştür. A Blok 12 kat, B Blok 10, C Blok 9 kat bulunmaktadır. Her koridorda 4 takım geri dönüşüm kutusu ve diğer çöp kutuları bulunmaktadır. 7 konteyner ile birlikte toplam 50 daha büyük çöp kutusu mevcuttur.
Üniversite, dünya çapında kullanılan bir yeşil bina sertifikasyon programı olan Enerji ve Çevresel Tasarımda Liderlik'ten aldığı Leed Gold sertifikasına ek olarak Çevre ve Şehircilik Bakanlığı'ndan Sıfır Atık sertifikası aldı. Atık yönetim planları ve atık raporları Bakanlığın Sıfır Atık Bilgi Sistemine kayıt edilmektedir. Acıbadem Üniversitesi'nin 2019 yılından itibaren Sıfır Atık Yönetim Sistemi'ne kaydettiği toplam geri dönüştürülebilir atığı 46 ton civarında olup, ağırlıklı olarak kağıt, metal, plastik, cam, yağ ve organik atıklardan oluşmaktadır.
Kağıt tüketimini en aza indirmek için dijital belge yönetim sistemi (EBYS) de kullanılmaktadır. Üniversitede toplanan elektronik atıklar, geri dönüşüm lisanslı firmalar aracılığıyla bertaraf edilmektedir. Enerji üretimi sonucunda oluşan atık sular geri dönüştürülerek binaların ısıtılmasında kullanılmaktadır.
Üniversitede toplanan atık yağlar, mikroorganizmalar kullanılarak tanklarda ayrıştırılmaktadır. İşlenen atıklar lisanslı firmalara teslim edilmekte, su ise kanalizasyona verilmektedir. Kampüs genelinde çay-kahve atıkları toplanarak, çay-kahve atıklarından kompost yapılarak kampüs bahçesinde kullanılmaktadır.
Tıbbi ve laboratuvar zehirli atıklar ise İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından Çevre ve Şehircilik Bakanlığı Atık Yönergesi'ne uygun olarak toplanmakta ve bertaraf edilmektedir. Bu süreç, Acıbadem Sağlık Grubu Çevre Birimi tarafından koordine edilmekte ve desteklenmektedir. Ayrıca üniversitenin AAALAC sertifikalı Deney Hayvanları Uygulama ve Araştırma Merkezi'nde (ACU-DEHAM) deney hayvanı doku ve karkaslarının imhası için bir yakma fırını bulunmaktadır.