Kimya Araştırma Alanları – Master's Degree in Chemistry | Acibadem University

Kimya Araştırma Alanları

Tanıtım Videosu

Akademik Özgeçmiş

Doç. Dr. Göknil Pelin Coşkun Şahin, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Eczacılık Fakültesi’nde Farmasötik Kimya alanında öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Lisans eğitimini Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi’nde tamamlamış, aynı üniversitede Farmasötik Kimya alanında doktora derecesini 2016 yılında almıştır. Doktora sonrası çalışmalarını ABD’nin Atlanta kentindeki Emory Üniversitesi’nde bir yıl süreyle doktora sonrası araştırmacı olarak sürdürmüştür. Araştırmaları; heterosiklik ilaç adaylarının tasarımı, sentezi ve yapısal aydınlatılması, in vitro mikrozomal metabolizma ve preklinik ilaç keşfi çalışmalarında in vitro farmakokinetik öngörüye yönelik biyoanalitik yöntemlerin geliştirilmesine odaklanmaktadır. Güncel çalışmalarında özellikle in vitro mikrozomal ve plazma stabilitesi analizleri üzerine yoğunlaşmaktadır. Pharmaceutics, Molecules ve ACS Medicinal Chemistry Letters gibi uluslararası dergilerde 20’den fazla yayına imza atmış veya ortak yazarlık yapmış; ulusal ve uluslararası çok sayıda bilimsel toplantıda sunum gerçekleştirmiş ve farmasötik kimya alanında bir ders kitabının yazımına katkıda bulunmuştur. Akademik kariyeri boyunca Dekan Yardımcılığı ve Bölüm Başkanlığı gibi idari görevlerde de bulunmuştur.

Araştırma Alanları

Heterocyclic Drug Design & Synthesis, Anticancer & Antimicrobial Agent Discovery, In Vitro Drug Metabolism (DMPK), LC-MS/MS & Chromatographic Method Development

Devam Eden Projeler

  • TÜBİTAK 1005 : "Establishing In Vitro Microsomal and Plasma Stability Analyses for Preclinical Drug Metabolism Studies: The First Platform in the Country for Pharmacokinetic Prediction (Yürütücü)
  • TÜBİTAK 3501 "Design, Synthesis, and Biological Activity Studies of Multitarget Compounds Against Alzheimer's Disease" (Araştırmacı)
  • TÜBİTAK 1001  "Biomarker Development via Proteomic Profiling of Urinary Exosomes for Bladder Tumor Detection and Evaluation of the Therapeutic Potential of Mitomycin-C Loaded Exosomes'' (Araştırmacı)

Seçilmiş Yayınlar

  • Coşkun, G. P., Özhan, Y., Dobričić, V., et al. “Discovery of novel thiophene/hydrazones: in vitro and in silico studies against pancreatic cancer.” Pharmaceutics, 2023, 15(5), 1441. DOI: 10.3390/pharmaceutics15051441
  • Sahin, Z., Rivera, M., Yang, Y., Liu, K., Sahin, G. P. C., et al. “Novel Competitive, Nonpeptidic, SARS-CoV-2 Mpro Inhibitors with Improved Solubility.” ACS Medicinal Chemistry Letters, 2026. DOI: 10.1021/acsmedchemlett.6c00041
  • Gold, H. B., et al. “...” ACS Pharmacology & Translational Science, 2025, 8(9), 3047–3073. DOI: 10.1021/acsptsci.5c00237; Birgül, K., et al. “CADD-Guided Design of Novel Triclosan–Hydrazone Hybrids with Antibacterial and Antimycobacterial Activity as InhA Inhibitors.” Journal of Molecular Structure, 2026, 146063. DOI: 10.1016/j.molstruc.2026.146063
  • Han, M. I., İnce, U., Gündüz, M. G., Coşkun, G. P., et al. “Synthesis, antimicrobial evaluation and molecular modeling studies of novel thiosemicarbazides/semicarbazides.” Journal of Molecular Structure, 2022, 1261, 132907. DOI: 10.1016/j.molstruc.2022.132907
  • Demirbolat, G. M., Coşkun, G. P., Erdoğan, O., Cevik, O. Ö. “Long chain fatty acids can form aggregates and affect the membrane integrity.” Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 2021, 204, 111795. DOI: 10.1016/j.colsurfb.2021.111795
  • Demirbolat, G. M., Aktaş, E., Coşkun, G. P., Erdoğan, O., Cevik, O. Ö. “New Approach to Formulate Methotrexate-Loaded Niosomes.” Journal of Pharmaceutical Innovation, 2022, 17, 622–637. DOI: 10.1007/s12247-021-09539-4; Coşkun, G. P., Djikic, T., Hayal, T. B., et al. “Synthesis, Molecular Modelling and Anticancer Activity of Diflunisal Derivatives as Cyclooxygenase Enzyme Inhibitors.” Molecules, 2018, 23(8), 1969. DOI: 10.3390/molecules23081969
  • Shukur, K. T., Ercetin, T., Coşkun, G. P., et al. “Design, synthesis, and biological evaluation of new urolithin amides as multitarget agents against Alzheimer's disease.” Archiv der Pharmazie, 2021, 354, e2000467. DOI: 10.1002/ardp.202000467; Guleroglu, F. Y., Cetin, A., Coşkun, G. P., et al. “The role of 1-Deoxysphingolipids and Polyamines in the pathogenesis of placental syndrome.” BMC Pregnancy and Childbirth, 2025, 25(1), 51. DOI: 10.1186/s12884-025-07175-1.

Akademik Özgeçmiş

Prof. Dr. Sinem Tuncel Kostakoğlu, 2004 yılında Ankara Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nden lisans, 2006 yılında Gebze Teknik Üniversitesi Kimya Bölümü’nden yüksek lisans ve 2012 yılında aynı bölümden doktora derecesini almıştır. 2013-2014 yılları arasında Bayreuth Üniversitesi (Almanya) Makromoleküler Kimya Bölümü’nde doktora sonrası çalışmalarını tamamlamıştır. 2006-2021 yılları arasında Gebze Teknik Üniversitesi Kimya Bölümü’nde Araştırma Görevlisi, 2021-2023 yılları arasında ise İstinye Üniversitesi Kimya Bölümü’nde öğretim üyesi olarak görev yapmıştır. Halen Acıbadem Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi Kimya Bölümü’nde öğretim üyesi olarak görev yapan Sinem Tuncel Kostakoğlu, aynı zamanda Kimya Bölüm Başkanlığı ve Kimya Anabilim Dalı Başkanlığı görevlerini yürütmektedir. Araştırmaları; ftalosiyanin, porfirin ve BODIPY temelli malzemelerin sentezi, fotodinamik terapi, gaz sensörleri, sıvı kristaller ve supramoleküler kimya üzerine yoğunlaşmaktadır.

Araştırma Alanları

  • Ftalosiyanin
  • Porfirin
  • BODIPY
  • Fotodinamik Terapi
  • Sensor
  • Sıvı Kristal
  • Supramoleküler Kimya

Devam Projeler 

  • Fotodinamik Terapi için Enzime Duyarlı Barbitürik Asit Sübstitüe Silisyum Ftalosiyaninler, Acıbadem Üniversitesi, BAP, Yürütücü.
  • Phthalocyanine-based polymers: effect of various spacers on nanomaterials characteristics and PDT in vitro and in vivo efficiency, TÜBİTAK-Slovakya İkili İşbirliği Projesi, Yürütücü.
  • Deneysel ve Hesaplamalı Yöntemlerle Ftalosiyanin Fotosensitizerlerinin Amfifilik Özelliklerinin Ayarlanması, TÜBİTAK–Fransa Dışişleri Bakanlığı ile İkili İşbirliği Projesi (Bosphorus), Araştırmacı.

Seçilmiş Yayınlar

  • Heinrich, C. D., Tuncel Kostakoğlu, S., & Thelakkat, M. (2017). Densely grafted liquid crystalline copper phthalocyanine side chain polymer: synthesis and characterization. Journal of Materials Chemistry C, 5(25), 6259-6268.
  • Wilma, K., Unger, T., Tuncel Kostakoğlu, S., et al. (2017). Excited state dynamics and conformations of a Cu(II)-phthalocyanine-perylenebisimide dyad. Physical Chemistry Chemical Physics, 19(33), 22169-22176.
  • Albakour, M., Tunç, G., Akyol, B., Tuncel Kostakoğlu, S., et al. (2018). Synthesis, characterization, photophysicochemical properties and theoretical study of novel zinc phthalocyanine containing four tetrathia macrocycles. Journal of Porphyrins and Phthalocyanines, 22, 1-11.
  • Mete, E., Kabay, N., Dumoulin, F., Ahsen, V., Tuncel Kostakoğlu, S., & Ergin, Ç. (2021). Photodynamic inactivation of Staphylococcus aureus using tetraethylene glycol-substituted Zn(II) phthalocyanine. Biotechnic & Histochemistry, 96, 311-314.
  • Aykota, M. R., Yilmaz, S., Erbis, H., Kabay, N., Tuncel Kostakoğlu, S., et al. (2021). In vivo phototoxic effects of a tetraethyleneglycol-substituted Zn phthalocyanine in tumor bearing rats at an enzymatic level. Journal of Porphyrins and Phthalocyanines, 125, 120-127.
  • Tuncel Kostakoğlu, S., Chumakov, Y., Zorlu, Y., et al. (2021). Elucidating the role of non-covalent interactions in unexpectedly high and selective CO2 uptake and catalytic conversion of porphyrin-based ionic organic polymers. Materials Advances, 2, 3685-3694.
  • Ivanova, V., Klyamer, D., Krasnov, P., Kaya, E. N., Kulu, I., Tuncel Kostakoğlu, S., et al. (2023). Hybrid materials based on pyrene-substituted metallo phthalocyanines as sensing layers for ammonia detection: Effect of the number of pyrene substituents. Sensors & Actuators: B. Chemical, 375, 132843.
  • Küçük, T., Harmandar, K., Yalçın, M. S., Sahin Ün, S., Tuncel Kostakoğlu, S., et al. (2024). The phenoxy-bearing naphthalimide substituted phthalocyanines: Photophysicochemical and biological properties. Polyhedron, 261, 117113.
  • Akyol, B., Çokluk, E. M., Ayhan, M. M., Tuncel Kostakoğlu, S., & Gürek, A. G. (2025). Tuning the photophysical properties of BODIPY dyes and studying their self-assembly via hydrogen bonding. ACS Omega, 10, 1716-1726.

Akademik Özgeçmiş

Prof. Dr. Umut Bulut, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Eczacılık Fakültesi, Temel Eczacılık Bilimleri Bölümü, Analitik Kimya Anabilim Dalı’nda öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Lisans ve yüksek lisans eğitimlerini Orta Doğu Teknik Üniversitesi Kimya Bölümü’nde, doktora eğitimini ise Rensselaer Polytechnic Institute, Department of Chemistry and Chemical Biology’de tamamlamıştır. Araştırmaları, biyolojik öneme sahip analitlerin ve ilaçların tayinine yönelik biyosensörler ile analitik platformların geliştirilmesine odaklanmaktadır. Bu kapsamda fonksiyonel moleküllerin ve polimerlerin tasarımı ve sentezi, biyosensör tasarımı, malzeme karakterizasyonu, analitik yöntem geliştirme ve validasyonu ile nokta-başı (point-of-care) ve giyilebilir tanı teknolojileri üzerine çalışmalar yürütmektedir.

Araştırma Alanları

  • Elektrokimyasal Biyosensörler
  • Küçük Molekül ve Polimer Tasarımı
  • Analitik Yöntem Geliştirme ve Validasyonu
  • Fonksiyonel Malzemeler ve Elektrot Modifikasyonu
  • Nokta-Başı (Point-of-Care) Tanı Teknolojileri
  • Giyilebilir Sensörler ve Dijital Sağlık Teknolojileri
     

Devam Eden Projeler

  • 2025–2028 | Bulut U., Söylemez S., Sarıgül Özbek S., Yavuz M., Erbaş Çakmak S., Çınaroğlu S. S. Potansiyel Tirozinaz İnhibitörü Moleküllerin Sentezi, Tirozinaz İnhibisyonuna Dayalı L-DOPA Biyosensörlerin Geliştirilmesi ve Parkinson-Tirozinaz Enzimi İlişkisine Yönelik Anti-Parkinson Aktivite Değerlendirmesi. TÜBİTAK 1001 Projesi.
  •  2023–2026 | Bulut U., Söylemez S., Timur S., Güler Çelik E., Kaya S., Göksel T., Cevher Ş. Kronik Böbrek Hastalığının Erken Teşhisi ve Takibi için Bakım Noktası Testlerine Yönelik İmmünosensör Sistemlerin Geliştirilmesi TÜBİTAK - AB COST Projesi.

Seçilmiş Yayınlar

  • Yeniterzi, D., Bulut, U., Akbayrak, S. & Soylemez, S. “Au/Co3O4 Nanoparticle-Modified Electrochemical Sensor for the Selective and Simultaneous Detection of Galantamine, Dopamine, and Uric Acid.” Electrochimica Acta, 2026
  • Soyler, D., Tugay, S., Oz, S., Ucar, A. D., Kaya, S., Cevher, S. C., Ozufuklar, O., Celik, E. G., Bulut, U., Unalan, H. E., Timur, S. & Soylemez, S. “Mesoporous Hollow Carbon Nanospheres/Spiro Polymer-Based Immunosensors for Near-Field Communication (NFC)-Enabled Detection of Chronic Kidney Disease.” ACS Applied Nano Materials, 2026, 9(23), 10963–10974
  • Tornaci, S., Erginer, M., Bulut, U., Sener, B., Persilioglu, E., Kalaycilar, İ. B., Celik, E. G., Yardibi, H., Siyah, P., Karakurt, O. & Cirpan, A. “Innovative fluorescent polymers in niosomal carriers: a novel approach to enhancing cancer therapy and imaging.” Macromolecular Bioscience, 2024, 24(10), 2400343
  • Bulut, U., Cevher, S. C., Sayin, V. O., Ozbek, S., Altin, N. A., Cirpan, A. & Söylemez, S. “Facile preparation of a conjugated polymer-based biosensor for glucose monitoring.” Electroanalysis, 2024, 36(7)
  • Bulut, U., Sayın, V. Ö., Altın, Y., Cevher, Ş. C., Celik Bedeloglu, A., Cirpan, A. & Söylemez, S. “A Flexible Carbon Nanofiber and Conjugated–Based Electrode for Glucose Sensing.” Microchemical Journal, 2023, 184, 108148
  • Bulut, U., Bor, G., Balaban, S., Man, E., Evran, S. & Timur, S. “Synthetic Antibodies for Methamphetamine Analysis: Design of High Affinity Aptamers and Their Use in Electrochemical Biosensors.” Journal of Electroanalytical Chemistry, 2022, 921, 116686
  • Bulut, U., Sayın, V. Ö., Cevher, Ş. C., Cirpan, A. & Söylemez, S. “Benzodithiophene Bearing Conjugated Polymer-Based Surface Anchoring for Sensitive Electrochemical Glucose Detection.” Express Polymer Letters, 2022, 16(10), 1012–1021
  • Bulut, U., Şanlı, S., Dönmez, S., Cevher, Ş. C., Çırpan, A., Odacı Demirkol, D. & Timur, S. “A Biosensor Platform Based on Amine Functionalized Conjugated Benzenediamine-Benzodithiophene Polymer for Testosterone Analysis.” Journal of Applied Polymer Science, 2020, 137(43), 49332

Akademik Özgeçmiş

Doç. Dr. Zeynep Kanlıdere, Acıbadem Üniversitesi Eczacılık Fakültesi'nde öğretim üyesi olarak kimyasal olarak modifiye edilmiş oligonükleotid ve peptitlerin tasarımı, sentezi ve biyolojik uygulamaları alanında araştırmalar yürütmektedir. Doktorasını Georg-August Göttingen Üniversitesi'nde Prof. Dr. Ulf Diederichsen danışmanlığında Biyomoleküler ve Organik Kimya alanında tamamlamıştır.
Bugüne kadar Acıbadem Üniversitesi laboratuvarlarında TÜBİTAK ve TÜSEB destekli toplam 10 projeyi tamamlamıştır. Araştırmaları, organik sentez ile kimyasal biyolojinin kesişiminde yer almakta olup, biyomoleküllerin farklı alanlardaki uygulamalarına odaklanmaktadır.

DNA ve RNA oligonükleotitlerini çok çeşitli amaçlarla kullanmaktadır. Örneğin, metal bağlayıcı ligandlarla fonksiyonelleştirilmiş DNA oligonükleotitlerini organik sentezde katalitik araçlar olarak değerlendirmektedir. Terapötik alanda ise, kimyasal olarak modifiye edilmiş RNA oligonükleotitleri sentezleyerek bu moleküllerin stabilitelerini araştırmakta ve terapötik uygulamalarına yönelik disiplinler arası iş birlikleri yürütmektedir. Peptit kimyası alanındaki güçlü altyapısı ile oligonükleotid-peptit konjugatlarının hazırlanmasına yönelik araştırmalar yapmaktadır.

Araştırma Alanları

DNA/RNA Oligonükleotit Kimyası, Peptit Kimyası, SiRNA Terapötikler

Seçilmiş Yayınlar

  • Kanlidere, Z., Öztürk, N. F., Yalçın, M. S., & Özdemir, S. (2025). Design of peptide-modified aluminum nanoparticles with enhanced antimicrobial, antibiofilm, antioxidant, and DNA-cleaving properties. Pharmaceutics, 17(11), 1490. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics17111490
  • Hayat, Y., & Kanlidere, Z. (2025). Investigation of ethanol and isopropanol as greener alternatives to acetonitrile in the RP-HPLC purification of histone tail peptides bearing acylation-type post-translational modifications. Separations, 12(10), 275. https://doi.org/10.3390/separations12100275
  • Caglayan, N., Sancak, B., Kanlidere, Z., & Kocagoz, T. (2025). Discovery of amino acid substitutions in penicillin-binding proteins associated with adaptation to D-Ala-D-Lac in vancomycin-resistant Enterococcus faecalis. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 15, 1522114. https://doi.org/10.3389/fcimb.2025.1522114
  • Kanlidere, Z. (2023). Template-directed incorporation of functional molecules into DNA. ChemBioChem, 24(4), e202200554. https://doi.org/10.1002/cbic.202200554
  • Kanlidere, Z., Jochim, O., Cal, M., & Diederichsen, U. (2016). DNA functionalization by dynamic chemistry. Beilstein Journal of Organic Chemistry, 12, 2136–2144. https://doi.org/10.3762/bjoc.12.206
Acu Helpdesk